5 mars 1898
Le président Granval proposait aux membres de la Société Nautique réunis en Assemblée Générale la construction d'un pavillon flottant en bois, de 35 mètres sur 10, dont le devis s'élevait à 53 000 francs. La proposition fut votée par 48 voix contre 13 et un bulletin blanc. La construction fut confiée à la maison Revertégat, spécialisée dans la menuiserie des navires, et les travaux commencèrent aussitôt, avec l'autorisation de la toute puissante Compagnie des Docks, dans l'arrière-bassin des formes de radoub nord, alors appelé "le lac". Les travaux furent supervisés par MM Vence, inspecteur du Lloyd's et Boisevain, inspecteur du bureau Veritas. Le chanoine Gambert procéda à la cérémonie de baptême. Au départ le rez-de-chaussée était agencé et la terrasse supérieure n'était justement qu'une terrasse surmontée d'une tente. Rapidement, il apparut opportun de couvrir en dur et d'utiliser cet espace précieux pour aménager des salons. Des ornements style "bois découpé " dans le goût de l'époque furent également rajoutés. Le pavillon flottant, amarré au quai des belges depuis sa construction, avait rejoint les pannes devant la Mairie en 1936, quand les travaux d'élargissement du quai du Port en 1938 rendirent nécessaire son déménagement. Plutôt que d'effectuer un double mouvement, il gagna son emplacement actuel du quai de Rive Neuve, et les pannes allongées et restaurées furent transférées ainsi que tous les corps morts grâce à la collaboration des Ponts-et-Chaussées. En 1909, le Président Cyprien-Fabre, grâce à une situation florissante, solde le coût du Pavillon.

31 janvier 1957
Le pavillon flottant est détruit dans un incendie. Ce fut pour tous les membres une véritable catastrophe et l'amas de voiles brûlées d'une grande tristesse. Correctement assuré, le Pavillon a repris forme, grâce au crayon de l'architecte André DEVIN. Le pavillon à l'époque quittait tous les ans son mouillage habituel, le 14 juillet pour l'organisation de joutes populaires. Il a fait une navigation hauturière, il a quelques 70 ans, pour rehausser de sa présence l'éclat des grandes fêtes données dans le port de l'Estaque. Bien que ce déplacement ait été réussi, il a été jugé prudent de ne pas le renouveler. Il ne quitte son emplacement que tous les dix ans pour les opérations de carénage effectuées dans le bassin du Radoub.

1991
Le Président Jean-Pierre ROUBAUD propose à l'Assemblée Générale une réfection de l'aménagement intérieur du Pavillon. Celle-ci se termine en 1992 et offre des installations modernes et accueillantes dessinées par Monsieur SUBRAN et effectuées par la Société Phocéenne des Travaux.

1996
Carénage (président Dessemond) ,

2007
Carénage et classement à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques (président Bernard Amiel).